Ты можешь использовать любой фреймворк для создания окна, но проблема будет именно с расположением. Если речь о Windows, то есть два возможных подхода.
1. Обрабатывай сообщения о перемещении окна, блокируй любые перемещения, ставь окно в самый низ стопки окон. Используй функцию WinAPI
SetWindowPos().
2. Используя функцию WinAPI
SetParent(), установить своё окно как дочернее для рабочего стола. Нужно найти дескриптор окна рабочего стола через
FindWindow().
Проблема в том, что доступ к WinAPI через питон возможен, но очень неудобен. Также тебе придётся как-то узнать у твоего выбранного фреймворка дескриптор твоего окна.