Смотрите, вы запускаете какой то скрипт явно. Ну типа app.py. Так вот запускайте не просто
python3 app.py
а типа
python3 app.py >> /dev/null (команда условна)
Это называется "перенаправление вывода" и в разных консолях\терминалах\операционках оно будет по разному делаться.
Можно дополнительно поискать то же самое для питона типа "перенаправление вывода".