если пользуетесь PHPStorm, там можно в настройках указывать namespace каждой директории, так же потом правильно сконфигурировать автолоад - секцию в composer.json (если используете его) который поможет IDE правильно ассоциировать неймспейсы.
Но это не самая хорошая практика, когда есть два неймспейса, /app/core и /core . Автолоадер возможно и разрулит, но вы сами будете путаться.