Там JS не нужен по большому счету. Минимум CSS, старый добрый HTML, и PHP, который составляет 95% функциональности подобной подсистемы.
Конфигурация отправляется из полей POST-запросами и сохраняется обычно в файлы, реже в БД. Почему реже? Потому, что системы настройки обычно настраивают так же и сам доступ к БД.
Так же из РНР обычно и генерируются input-поля с уже заполненными value.
Чтобы с непривычки не мучаться с импортами-экспортами-инклюдами конфигурационных файлов, рекомендую использовать JSON - это дёшево и сердито:
$config = json_decode(file_get_contents(__DIR__ . '/.config'), true); //читаем конфиги
//...
file_put_contents(json_encode($config), __DIR__ . '/.config'); //пишем конфиги
В данном примере .config - с точкой вначале, чтобы конфиги нельзя было открыть и прочитать из браузера - ведь это конфиденциальные данные. `__DIR__` - это магическая константа, путь к папке скрипта, в котором она использована.
Сохранять конфиги можно как угодно иначе, главное, чтобы они были недоступны из web.
Так же вам нужно предусмотреть элементарную безопасность: фильтрацию данных, полученных от пользователя.
Резюмируя, чтобы написать минимальный конфигуратор на РНР, нужно проштудировать информацию о:
json_encode / json_decode
file_get_contents / file_put_contents
htmlspecialchars / strip_tags / preg_match / filter_input
HTML и CSS, как я понимаю, вы уже и так успешно пользуетесь.
Средний