В С++ рекомендуется использовать iostream (cin, cout, etc). Это совершенно другая библиотека, которая не имеет прямого отношения к stdio (FILE* etc). И, в общем случае, они никак не совместимы друг с другом.
Однако, Вас никто не принуждает использовать iostream в Вашем С++ проекте. Используйте C++ + stdio. Проблема будет если Вам надо использовать две разных библиотеки, одна из которых принимает FILE *, а другая iostream, и Вам для чего-то нужно передать один и тот же файл из одной в другую.
ктстаи, праивльнее использовать в С++
