Там же в настройках всё написано.
Первая галка - интервал бездействия, после которого все вкладки сохраняются. Если вы ничего не делаете в течение этого периода - программа сохранит данные.
Вторая - немедленное сохранение при потере фокуса. Если вы переключитесь на другую программу, шторм сохранит данные.
Третья позволяет делать бэкап перед сохранением.
Четвертая синхронизирует изменения в файлах, сделанные другими программи при переключении в шторм, или на конкретную вкладку.