первый вариант: Yii::$app->user->identity->organization->id
Добавить в класс User (который ActiveRecord) связь с hasOne (или hasMany) и связать с таблицей организацией
Насколько я понял это у вас уже реализовано, просто попрробуйте запустить
второй вариант.
Добавить как глобальную переменную т.е. Yii::$app->organization->id
Объяснено тут
третий вариант:
добавить как параметр
Yii::$app->params['organization_id'];
для этого в конфиге приложения добавить графу
'params' => [
'organization_id' => User::findOne(Yii::$app->user->id)->organization->id,
],