Сталкиваюсь впервые, вопрос, как производит логирование, нужно что для всех этих библиотек-проектов подключать NLOG?
Можно и так, но я бы к ним всем подключил Microsoft.Extensions.Logging.Abstractions или Serilog.
В первом случае - можно будет подключить в принципе любую библиотеку для логгирования, а во втором - serilog в принципе и так хорош.
Потом уже в момент подключения прокидываешь в них конкретную реализацию ILogger
Используй принцип Dependency Inversion и конфигурируй логгер только 1 раз.