rundll32, ни каких js-инъекций тут не светит. вам придется осваивать winapi без вариантов - перехватывать хендл окна стандартного системного диалога выбора файлов, путем поиска как дочернего от окна браузера (или контрола браузера в винформе)
после чего, можно вполне цивильно вписать там нужный путь. но опять на уровне работы с winapi, и окнами в низкоуровнем смысле операционной системы
кода надо немного, и он будет не особо сложный. но придется пройти ощутимое расширение эрудиции в теме winapi