Может быть я тупой, но я не понимаю что делать.
Ну вот я скачал jQuery, подключил в HTML, открываю файл jQuery,
и что мне делать с тем кодом который в файле jQuery? Удалить, или же писать код ниже?
Я не понимаю.
Зависит от того, зачем Вы его подключили.
Но, в любом случае, ничего делать с файлом не надо.
Создаёте новый js файл, подключаете его после jquery,
и в нём можете пользоваться функционалом, предоставленным jquery.
Функция-селектор $('selector') и так далее.