Чтобы получить ID, нужно включить профилирование, тогда ID запроса можно будет взять из SHOW PROFILES:
mysql> SET profiling = 1;
Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)
mysql> DROP TABLE IF EXISTS t1;
Query OK, 0 rows affected, 1 warning (0.00 sec)
mysql> CREATE TABLE T1 (id INT);
Query OK, 0 rows affected (0.01 sec)
mysql> SHOW PROFILES;
+----------+----------+--------------------------+
| Query_ID | Duration | Query |
+----------+----------+--------------------------+
| 0 | 0.000088 | SET PROFILING = 1 |
| 1 | 0.000136 | DROP TABLE IF EXISTS t1 |
| 2 | 0.011947 | CREATE TABLE t1 (id INT) |
+----------+----------+--------------------------+
Query_ID - то, что Вам нужно.
Я бы посоветовал использовать
Maatkit для анализа всего лога медленных запросов.