Сохраняем резервную копию базы в файл
mysqldump --user=USERNAME -p --default-character-set=latin1 -c --insert-ignore --skip-set-charset -r file.sql DATABASE_NAME
Преобразовываем в UTF-8
iconv -f utf8 -t cp1252 file.sql | iconv -f cp1251 -t utf8 | sed -e 's/latin1/utf8/g' > file-utf8.sql
Опустошаем базу
mysql --user=USERNAME -p --execute="DROP DATABASE DATABASE_NAME; CREATE DATABASE DATABASE_NAME CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci;"
Заливаем исправленную базу
mysql --user=USERNAME --max_allowed_packet=16M -p --default-character-set=utf8 DATABASE_NAME < file-utf8.sql
Как-то так