Кладете ссылку на корутину в публичную переменную и готово:
public Coroutine myCoroutine;
...
myCoroutine = StartCoroutine(MyCoroutine());
...
StopCoroutine(myScript.myCoroutine);
Ну либо публичный метод, что будет делать с корутиной в скрипте всё, что надо, без прямого обращения к ней.