$value = 'Значение';
$keys = ['ключ 1', 'ключ 2', 'ключ 3']; // Количество элементов может быть любым, но не менее 1
$array['ключ 1']['ключ 2']['ключ 3'] = 'Значение';
function updateArray(&$array, $keys, $val) {
$v = &$array;
foreach ($keys as $k) {
if (!isset($v[$k])) {
$v[$k] = [];
}
$v = &$v[$k];
}
$v = $val;
}