Используйте сессию и timeout. Если по истечении определенного времени человек не совершал никаких действий - оффлайн. Если ходит по ссылкам, то записываем флаг в $_SESSION, мол онлайн. Если не ошибаюсь, раньше нужно было что-то записать в сессию, чтобы сбросить таймаут.
Само собой в базе можете тоже пометку делать, мол человек залогинился\вышел.
