Я так понимаю, это у вас inline-block элементы
Выравнивание по умолчанию для текстовых элементов идет по базовой линии. Есть текст — выравнивается по базовым линиям текста. Нет текста — за базовую линию пустого блока считается его нижняя граница.
Как-то так.