var table = $('.my-table').dataTable(), // получаем таблицу
rows = table.fnGetNodes(), // получаем все строки
checked = $(rows).find('.check input:checked'); // получаем выделенные чекбоксы
<script type="text/javascript" src="//cdn.datatables.net/plug-ins/f2c75b7247b/api/fnGetHiddenNodes.js"></script>
$(document).ready(function() {
oTable = $('#mytable').dataTable();
$('form').submit(function(){
$(oTable.fnGetHiddenNodes()).find('input:checked').appendTo(this);
});
});