Проверяйте из какой страницы пришел юзер, для этого загляните в document.referrer и если адрес там совпадает с адресом текущей страницы, значит страница была обновлена и вы можете выполнить нужный вам код.
if (document.referrer == location.href) {
alert('Страница была обновлена!');
}