В скрипте1 с помощью file_get_contents кидают запрос скрипту2. Сверху скрипта2 есть echo('ответ'), ниже идут функции которые выполняются очень долго. Нужно получить только echo('ответ') а остальных функций в скрипте2 не дожидаться, тем самым продолжив работу скрипта1.
В случае FPM - можно использовать fastcgi_finish_request, которая закрывает канал передачи и даёт веб-серверу понять, что от него больше ничего не требуется, остальное скрипт закончит самостоятельно в фоне.