Потому, что происходит сравнение на равенство массив и строку. Но проверка равенства - это
не поиск элемента в массиве. Надо проверять наличие значения в массиве:
if (RightAnswer.includes(RightUserAnswer)) {
Правильнее же вообще не использовать массив, а просто приводить ответ к нижнему регистру:
var rightAnswer = 0;
function RightWrongAnwser(RightAnswer, RightUserAnswer){
if (RightAnswer === RightUserAnswer){
alert('Поздравляю, вы угадали!');
rightAnswer++;
}else alert('Вы не угадали!');
}
var userAnswer = prompt('Отгадайте загадку:\nАх, не трогайте меня, обожгу и без огня!');
// здесь не хватает проверки того, что была нажата кнопка "отмена"
RightWrongAnwser('крапива', userAnswer.toLowerCase());
alert('Количество правильных ответов: ' + rightAnswer);