John Smit, начнём с того, что в Python строки не меняются. 
У вас есть длинная строка с несколькими переносами строк. Вам надо разбить эту длинную строку на части по переносам строк, получите несколько отдельных фрагментов строк в ячейках списка. В нужной ячейке (второй по счёту с начала, т.е. ячейке [1]) существующую строку заменяете на нужную. 
Потом ячейки списка собираете в новую единую строку, вставляя между ячейками перенос строки. 
У вас получится новый текст с измененной второй строкой. 
Важно, что саму вторую строку-ячейку списка надо либо вообще новую вставлять, либо так же разбирать старую и потом собирать обратно.