надо полагать, программа после запуска пытается получить доступ к какому-то объекту в файловой системе по относительному пути, а стартовым каталогом в данном случае будет являться тот каталог, находясь в котором была дана команда на запуск программы.
в случае с midnight commander всё просто - это каталог, в котором находится сама программа. в случае с запуском вручную всё зависит от того, в какой каталог зашёл перед этим человек. а в случае с кроном это будет домашний каталог пользователя, из-под которого запускается программа (в вашем случае, видимо, root).
видимо в последних двух случаях требуемого доступа к объекту нет (из-за отсутствия объекта или каких-то прав на него) - отсюда и проблемы.
