Здравствуйте! В планах есть бот используемый Callback, конечно запросы могут приходить ежесекундно, вот думаю как лучше это реализовать если ипользовать конструкции включений (require/include для тех кто не в теме), то это будет влиять на скорость да и прочее. Есть идея сделать один класс в котором регистрируем все команды, а потом уже вызываем собственно функцию ну или класс, итог - +один файл. В одном файле тоже не хочу делать всё так как тоже есть шансы упустить скорость на чтение...
Смело используйте require/include, а так же composer с их aoutoloader'ом, так как кол-во подключаемых файлов не оказывает влияния на производительность, потому что уже давно придуман OPCache.
Время потраченное на обработку ответа будет больше времени потраченного на получение необходимого файла, больше настолько, что задержка фс будет незначительна, это во первых. Во вторых, у тебя будут задействованы не все файлы, а только обработчики