Интересно, что сам Р. Мартин в своей книге пишет, что нет серебряной пули и делить надо, отталкиваясь от задачи.
Из моего опыта: в начале разделяю классы по папкам, а потом уже выделяю в пакеты, если нужно как-то упростить переиспользование/расширение