Можно напрямую изменять, если уверены в своих действиях) Например через IDE PHPSTORM, подключаетесь по SSH (это SFTP) или по FTP, настраиваете соответствие своих локальных файлов и файлов на сервере, настраиваете сохранение по Ctrl+S и уведомление о различиях файлов при их изменении, скачиваете файл или папку, которую необходимо изменить.
Другой вариант - развернуть систему локально, и пользоваться такими инструментами, как GIT - т.е. локально внесли изменения, сохранили их (отправили их на удаленный сервер, push), затем получили их уже на своем сервере (сделали pull).
