Нужно разделять понятия
1. удаление БД (DROP DATABASE)
2. удаление таблицы (DROP TABLE)
3. очистка таблицы (TRUNCATE TABLE)
4. удаление записей в таблице (DELETE FROM TABLE)
Для первых трёх можно настроить права доступа пользователю
https://dev.mysql.com/doc/refman/8.0/en/privileges...
Для п.4 то вы либо разрешаете удаление либо не разрешаете. Что помешает мне отправить вместо 1 запроса сразу 100000 отдельных запросов на удаление и получить по итогу пустую таблицу?
Правильное решение - не давать кому попало доступ в PHPMyAdmin, а писать свою админку где сможете контролировать что и как удаляется.