Решение было банально. Это
стандартная фича Pycharm(хоть и довольно багованная).
File -> Manage IDE Settings -> [Sync Settings to JetBrains Account...|Settings repository]
JetBrains Account не поддерживается в Community Edition.
Settings repository позволяет синхронизировать все настройки(вроде допускает исключения) включая настройки для отдельных проектов с удаленным репозиторием.
Создается отдельный репозиторий(не проекта), указывается в File -> Manage IDE Settings -> Settings repository -> Upstream URL. Синхронизировать можно автоматом, либо через VCS -> Sync settings.
При этом существует
баг - в некоторых случах фича не работает, решение в удалении папки:
~/.{IDE_NAME_&_VERSION}/config/settingsRepository/repository/.git