Начнем с того что так делать не стоит вообще. Я про сборку страницы посредством ajax.
Что бы подключение работало нужно подключить скрипт. Вообще у jQuery если мне память не изменяет есть метод getScript, который выполнит скрипт. Вы же просто помещаете текст в script - выполняться от этого он не будет.
Если вы хотите динамически подключить js - проще будет сделать так:
var script = $('<script />', {
src: 'js/app.js'
});
$('body').append(script);
А еще лучше воспользоваться загрузчиками аля head.js или, что было бы элегантнее, require.js.