Ох… В краткие не получится. Во-первых, project-stub — это не starter kit для быстрого создания сайта с нуля, это скорее демонстрация концепции работы bem-инструментов (XJST-шаблонизатора, enb-сборщика и т. д.). Чуть больше для разработки сайтов подходит
https://github.com/bem/bem-express , но и у него порог входа выше: там тесная работа с express.js, т. е. это ещё и полноценный сервер на node.js.
jQuery уже включен в поставку и project-stub, и bem-express, т. к. фрейморк из стека для работы с клиентским JS
i-bem.js работает через jQuery.
Подключение сторонних библиотек можно делать двумя способами:
- захардкодить библиотеку, как это описано в инструкции и вызывать инициализацию самостоятельно;
- сделать БЭМ-модуль, который использует систему Y-Modules для динамического подключения.
Второй способ предпочтительнее, но и на порядок сложнее.