Вот код:
require_once($_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].'/folder/folder/file.php');
Строка
$_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] это адрес твоей корневой папки. Оттуда уже шагай как хочешь. Т.е. даже если тебе надо подключить что-то в файл, который находится в 50-ти вложенных папках, пиши
$_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] и прокладывай дальше путь от корня.