bot.send_message(message.chat.id, "loading...")
# код...
bot.send_message(message.chat.id, "result")
Бот отправляет сообщение "loading", затем выполняется какой-то код, после чего бот пишет новое сообщение "result", и мне нужно удалить сообщение "loading" перед написанием "result"
bot.send_message возвращает объект Message с полем message_id, где хранится идентификатор сообщения, его можно дальше использовать для работы с этим сообщением.