Странно как! Все прочитали вопрос и никто даже не заметил!
встала задача загрузки на сайт документов для верификации пользователей
Крайне косячная задача у вас встала! )))
Вы перепутали: "на сайт" и "через веб-страницу" )))
Ну а далее, сайт здесь вообще ни при чём!
После приёма и валидации "тела" файла (что файл с расширением pdf - это не скрипт, и т.д.), серверным скриптом из памяти сразу ПЕРЕДАЛИ через внутренний вызов внутреннего сервиса скрипта-обработчика, который производит над документом нужные действия, шифрует и кладёт его в хранилище (папку,БД, и т.д.), которое вообще никак недоступно извне.