Сталкивался я с такой бедой. причину помогла найти софтинка
https://www.resplendence.com/latencymon
Смысл в том что была железка которая генерировала большое количество аппаратных прерываний и это приводила к ужасным лага, в диспетчере нагрузки не было. У меня был виноват старенький жесткий диск который был подключен как второй. программа показал какое устройство генерирует самое больше количество прерываний и после его удаления проблемы ушли.
Ещё был один случай на ноуте. почти мертвые конденсаторы питания процессора. помогла замена.