Сложно ответить не имя достаточно информации..
Если при переходе остается прежним, то возможно следует посмотреть структуру header.php и functions.php Не часто встречается, но может быть и два логотипа в теме..
Если Вы убираете логотип в настройках то он меняется на дефолтный, или текст..
Если Вы удалили его, то скорее всего из медиатеки он тоже исчез - можно смело загрузить его заново.
Вообще хороший совет: перед экспериментами с темой создайте копию оригинала.
Вам может помочь
эта статья 
