в htaccess прописываешь перенаправление ВСЕХ запросов в файл пхп, файл сам лежит в папке с архивом
RewriteEngine on
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d # это на папки, если нужно можно убрать
RewriteRule ^(.*)$ index.php
В index.php получаешь имя файла, проверяешь на его существование внутри папки, проверяешь сессии и тп и через header
отдаешь файл
Структура получается такая
site
files_for_download
.htaccess
index.php
file.zip
other_folders
...