Находим в файле с инициализацией tinyMCE строчку
extended_valid_elements : "a[name|href|target|title|onclick|class],ul[],ol[]",
и добавляем туда теги с параметрами которые необходимо оставить после очистки кода.
Также посмотри, есть ли удаляемые теги в строке
invalid_elements : "div,h5,h6,address,font,big,small",
если есть, то удали их.
А вообще, смотри конфигурацию tinyMCE
www.tinymce.com/wiki.php/Configuration:extended_va...