Просто апи в случае single page application, или веб сервиса без ui.
MVC если хочется быстро сделать сайт с формами.
Но граница очень размыта, знать одно и не знать другого, практически невозможно, и вопрос становится бессмысленным.
Это разделение было сделано когда-то просто чтобы было 2 шаблона проекта в visualstudio, так что не советую на этом концентрироваться а изучать aspnetcore в целом