От ардуино мне нужно только железо. Я хочу избавиться от всего ардуиновского, кроме платы. Т.е. прошить контроллер в avr studio (как если бы я взял обычный чип atmega и сделал для него плату с обвязкой).
Если хотите пользоваться загрузчиком от Arduino, то есть такая статья: habrahabr.ru/post/140276
Если и загрузчик не нужен - тогда нужно покупать программатор, и прошивать через него.
Я уже заметил, что можно программировать напрямую, используя загрузчик, уже вшитый в ардуину.
Но ардуино действительно можно истользовать вместо программатора: habrahabr.ru/post/144620 freeduino.ru/arduino/isp.html
почти никак.
Проблема в фреймворке от Ардуины. Вам его нужно продублировать в Studio на С.
Верояно есть какие то ранние порты, но сомневаюсь.
Хотя по объему работ изменений не так уж и много. И все функции простые.