Проблема заключается в следующем.
На первом слайде навигации нет, на остальных есть.
Если возвращаться со второго слайда на первый скроллом вверх, то меню убирается только после того, как первый слайд полностью выезжает.
Нужно убирать меню в тот момент, когда только начинается анимация.
Должно работать так, как при нажатии пункта "section a" в меню. По клику меню пропадает и дальше скроллиться вверх.
jsfiddle.net/MuDvg