Недавно запускал подобную конфигурацию.
Ставим на сервере Apache, Nodejs, Nginx.
В апаче заводим виртуальный хост на my-site.ru:8080
Для spa поднимаем express сервер на my-site.ru:3000 (номера портов условные)
В nginx поднимаем сервак на восьмидесятом порту и распределяем запросы.
Корневые ('/') - отправляем на нодовский сервер, апишные ('/api') - на апач.
Нодовский express сервер запускаем с помощью pm2
Собственно это всё.
Я тут
вопрос задавал, там есть примеры конфигов.