если я правильно помню, то в винде приоритет есть поиска файлов .bat -> .cmd -> .exe
таким образом, можно рядом с calc.exe положить calc.bat с вызовом нужной программы.
кроме того, файл всегда ищется в каталогах, указанных в %PATH% в том же порядке, как они прописаны.
этим тоже можно воспользоваться, добавить новый путь в начало этой переменной. а по этому пути уже будет или новый калькулятор с именем calc.exe или тот же батничек.