Если все сайты не подключают какой-то один и тот же скрипт/шаблон, то единственный вариант - это обойти все папки и добавить код куда надо (в html шаблон или какой-то js файл, я хз, как ваша cms устроена).
Если такой файл есть, то допишите код окна туда. Если cms одна и та же и сайты сделаны однообразно, то есть надежда, что такой файл существует. Можно вообще извратиться (если решение временное), вдруг у вас один и тот же условный /jquery.js подключатся во всех подпапках. Вот в него и впихивайте хоть alert(), хоть dom-манипуляцию.
Если же в каждой папке полностью независимая копия, то - увы.
Раз все cms одинаковые, то, скорее всего, есть какой-то одинаково называющийся файл во всех, в который код окна и можно добавить. Но не обязательно это делать руками N раз.
Все эти файлы надо найти каким-то скриптом, а потом как-то в них вставить код.
Если на линухе, то можно файлы найти аж так - передайте "./*/some-fixed-path/file-we-need.js" в качестве параметра в скрипт и bash сам раскроет шаблон и найдет все файлы. А скрипт может вызывать тупо patch < diff.txt. Вы руками внесите изменения в один файл, сделайте diff, и его результат скармливайте patch. Если изменения можно внести в одно и то же место во всех файлах (в самое, начало, например), то все сработает без ошибок. Читайте man diff, man patch. Еще можно man find.
Средний