Что-то вы намешали все в одну кучу.
Панельные данные используются не только в эконометрике. Более того, методы работы с панельными данными существуют сами по себе, а уж используются и в эконометрике тоже.
На счет "реализации в эконометрике" - будет интересно ознакомиться со ссылочкой именно на "реализацию", хоть в одном из распространенным пакетов.
Что касается противопоставления ML и МНК - тоже весьма загадочная фраза. МНК - это некий математический метод, лежащий в основе многих прикладных методов, в том числе - регрессионного анализа, который вполне успешно и широко используется в машинном обучении.
Возвращаемся к панельным данным. Имеется модуль linearmodels (
https://bashtage.github.io/linearmodels/index.html#) в котором есть целая группа методов работы с панельными данными:
https://bashtage.github.io/linearmodels/panel/inde...
Пользуйтесь на здоровье.
P.S. Кстати, в реальных задачах часто можно ограничиться просто многомерной регрессией, одним из параметров которой есть время. Попробуйте и так.