Поторопился с решением. Поиск происходит только, если сохранять товар вручную.
У меня самописная программы выгрузки из 1С. Если зайти в товар и нажать "Обновить" - тогда поиск произойдет. Или происходит индексация или артикул нужно записывать еще в какую либо переменную кроме '_sku'
slavanek,
Не подскажу алгоритм поиска, но есть подозрение , что woo заглядывает в таблицу wp_wc_product_meta_lookup
Скорее всего самописная программа делает обновления в обход woocommerce. Я сам писал подобное и до woo 3.0 все работало, а потом пришлось переписывать используя ООП Woo. Если есть возможность хуками дотянуться до режима обновления, то можете попробовать подгружать товар через $product = wc_get_product() и далее $product->save(). Тогда woo сам расставит все по полочкам.