Ну единственный хоть скольнибудь сложный вариант обфускации на пхп, что бы руками было немного напряжно деобфусцировать, это следующий подход:
1 проход - обфусцируем простым обфускатором, удаляем переносы строк и прочее.
2 загоняем получившееся в base64
3 получившийся код прогоняем через ф-цию побиитового смещения, и мешаем данные (запоминая шаг смещения в переменную разумеется и дописывая ее к коду).
4 на получившейся каже используем gzipdeflate.
Зацикливаем эти 4 пункта, меняя шаг смещения каждый раз, и воможно меняя местами пункты. При таком раскладе, на 1000 итераций, будет достаточно тяжело руками расшифровать код, возможно конечно, но просто муторно.
А автоматизацию можно попытаться отбить, меняя пункты местами в рандомном порядкее, и смещаяя ф-ции деобфускации по коду.
Но все это такая ерунда если честно)))