2) Middleware ничего не обрабатывает, этим занимается веб-сервер, энтри-поинт файл public/index.php и HttpKernel.
4) Почему "или"? DTO нужно что бы иметь строгую типизацию филдов и простоту рефактора. Есть параметры с фронта - будь добр DTO, репозиторий при этом к этому не имеет отношения.
Что у тебя в контроллере - сервис, репозиторий или что-то еще - не особо важно, это детали. Главное, что бы это было легко тестить.
Вопросы:
1) да обычная. От доки ее ничто не отличает, потому что она в принципе не диктует что делать дальше контроллера, а практики разные бывают. ДТО - очень и очень хорошая штука, а остальное - очень субьективно.
2) в сервис провайдерах. boot() для всего, register() для регистрации штук в контейнер.