Я бы рекомендовал придерживается золотого правила
3-2-1
Подходов много, от реплик(реплика != бекап) до sql-бекапов и бинарных дампов.
Можно использовать и самописные скрипты, и отдельные комплексы(к примеру, Bacula), тут уже вопрос бюджета и фантазии.