в первом случае isset проверяет существование переменной и если $r будет существовать, то в не зависимости от значения переменной $r условие будет работать
во втором случае условие проверяет что $r истина и только когда переменная истина условие будет работать
работает когда $r = true, false, 1, 2, -1000000, 'asdf' и т.д.
if (isset($r))
{
echo "Текст";
}
работает когда $r = true, 1, 2, 1000, 'asdf' и т.п.
if ($r == true)
{
echo "Текст";
}
работает когда $r = true и только
if ($r === true)
{
echo "Текст";
}