Сколько у вас пользователей одновременно в базе?
Насколько я знаю, автономный сервер пока находится в статусе бета-версии. Можете наверно баг-репорт отправить в 1с.
И какая необходимость использовать именно его? У него довольно много ограничений, и единственная выгода, имхо, это 3 бесплатных подключения без серверной лицензии. Но у вас база SQL, так-что вообще непонятно зачем сырую бету использовать...