/404.php не нужно (или на него есть ссылки?!), /includes/, если я понимаю, что там, - не нужно, лучше вообще запретить доступ по HTTP, а ещё лучше вынести за пределы DOCUMENT_ROOT.
Ibishka, да упоминать в robots.txt не стоит. Но при этом доступ к ним извне (по прямой ссылке) желательно заблокировать (подключению их к php-скриптам это не помешает).